RPA技術(shù)主要依賴于三種酶:工業(yè)恒溫機(jī)能結(jié)合單鏈核酸(寡核苷酸引物)的重組酶、單鏈DNA結(jié)合蛋白(SSB)和鏈置換DNA聚合酶。這三種酶的混合物在常溫下也有活性,最佳反應(yīng)溫度在37°C左右。
常規(guī)PCR必須經(jīng)過變性、退火、延伸三個(gè)步驟,而PCR儀本質(zhì)上就是一個(gè)控制溫度升降的設(shè)備。RPA反應(yīng)的zui適溫度在37℃-42℃之間,無需變性,在常溫下即可進(jìn)行。工業(yè)恒溫機(jī)這無疑能大大加快PCR的速度。此外,工業(yè)恒溫機(jī)由于不需要溫控設(shè)備,RPA可以真正實(shí)現(xiàn)便攜式的快速核酸檢測。
鏈替代擴(kuò)增 (SDA)
鏈替代擴(kuò)增 (SDA) 技術(shù)是基于在靶DNA兩端帶有被化學(xué)修飾的限制性核酸內(nèi)切酶識(shí)別序列,核酸內(nèi)切酶在其識(shí)別位點(diǎn)將鏈DNA打開缺口,DNA聚合酶延伸缺口3`端并替代下一條DNA鏈。工業(yè)恒溫機(jī)被替代下來的DNA單鏈可與引物結(jié)合并被DNA聚合酶延伸成雙鏈。該過程不斷反復(fù)進(jìn)行,使靶序列被高效擴(kuò)增。SDA的基本系統(tǒng)包括一種限制性內(nèi)切酶、一種具有鏈置換活性的DNA聚合酶、兩對(duì)引物、dNTP以及鈣、鎂離子和緩沖系統(tǒng)。
工業(yè)恒溫機(jī)SDA的優(yōu)點(diǎn):
(1)擴(kuò)增效率高
(2)反應(yīng)時(shí)間短,特異性強(qiáng),不需要特殊的設(shè)備
工業(yè)恒溫機(jī)SDA的不足:
(1)SDA產(chǎn)物不均一,在SDA循環(huán)中總要產(chǎn)生一些單、雙鏈產(chǎn)物,用電泳法檢測時(shí)必然要出現(xiàn)拖尾現(xiàn)象。
(2)SDA產(chǎn)物不可能直接用于克隆、測序和表達(dá)
(3)SDA產(chǎn)物的檢測手段有待提高,目前主要的方法是熒光偏振檢測,需要用到熒光分光分光光度計(jì),這限制了SDA在臨床的廣泛應(yīng)用。
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